Nació en Fómeque, Cundinamarca, el 16 de diciembre de 1826 -Mutió en Tocaima, el 8 de mayo de 1884.

Presidente de la República entre 1882 y 1884. La revolución industrial y los adelantos tecnológicos del mundo occidental en las décadas de transición entre los siglos XIX y XX, estimularon el progreso y los cambios económicos en los países desarrollados y sirvieron de modelo en algunos países hispanoamericanos para instaurar los cambios e impulsar la modernización.

Esta se consideraba un cambio necesario en las sociedades marcadas por el estigma latente de las estructuras coloniales, donde las luchas políticas partidistas, los caudillismos, el localismo, el problema religioso, el estancamiento económico y los problemas político-administrativos abarcaban la mayor parte de las actividades humanas y relaciones sociales. José Eusebio Otálora Martínez fue uno de los dirigentes que más se preocupó por estimular la industrialización de Colombia en los finales del siglo XIX. Hijo de Justo Otálora Ramírez, vasco, procedente de Arechavaleta, provincia de Guipúzcoa (España), y de doña Carmenza Martínez Romero, fueron sus hermanos: Agustín, Florencio, Demetrio, Nepomuceno, María Josefa, Nicomedes, Concepción y Tránsito.
El matrimonio Otálora Martínez poseía tierras en Miraflores (Boyacá), pero la persecución y el embargo de bienes de que fueron víctimas los realistas al finalizar la Independencia, los Llevaron al destierro en Fómeque, donde nacieron José Eusebio y sus hermanos; por ello, la familia Otálora siempre consideró a Boyacá como el lugar de sus orígenes y pertenencias.
José Eusebio realizó los estudios primarios en Fómeque y los secundarios en el Colegio de San Bartolomé.

Hizo la carrera de Jurisprudencia en el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, cuyo título obtuvo en 1852, después de algunas interrupciones, en una época en que los estudiantes dejaban las aulas para integrarse a las filas revolucionarias o a la legalidad. Intervino en las guerras civiles de 1851, 18~0, 1876 y 1877. Combatió la dictadura del general José María Melo en 1854, y en una carrera militar ascendente alcanzó el grado de general del Estado de Boyacá en 1877, y de general de la República en 1882. Contrajo matrimonio con la guatecana Mercedes González Ramírez, en Guateque (Boyacá), el 6 de agosto de 1855. Su esposa era hija de Antonio Pascual González y de Isabel Ramírez. Fueron sus hijos: Carlos, Isabel, Enriqueta, José Eusebio, Mercedes, Agustín, Concepción y Carmen Otálora González; todos ellos nacidos en Guateque.

Otálora inició su actividad política cuando fue diputado a la Cámara Provincial de Bogotá, en representación del cantón de Cáqueza en 1852; y a partir de 1855 fue elegido diputado a la Asamblea de Boyacá, representando a Garagoa, Tenza y Guateque. En esta última ciudad se instaló definitivamente y allí se casó. Representó a Boyacá en la Convención de Rionegro en 1863, en la cual adoptó una posición mediadora y conciliadora entre los gólgotas y los draconianos; también participó en las convenciones del Estado de Boyacá en los años 1862, 1863 y 1869. Fue elegido diputado a la Asamblea de Boyacá en 1866, 1877 y 1882; representó a Boyacá en el Congreso de la Unión en los años 1864 y 1868; y fue senador por Boyacá en 1882.

Fue tesorero general de la Nación en el gobierno del general Tomás Cipriano de Mosquera, subsecretario de Guerra, magistrado de la Corte Suprema de Cundinamarca y cónsul de Colombia en Italia, y posteriormente en Inglaterra, donde tuvo contacto directo en el mundo de la revolución industrial y la modernización. Otálora se desempeñó también en la actividad docente; fue profesor de idiomas y matemáticas en el Colegio San Simón de Ibagué en 1851, regentó la rectoría del Colegio Democrático de Neiva y, por último, fue nombrado rector del Colegio de Boyacá en 1875, cargo que no pudo desempeña por sus actividades militares.

Otálora llegó a la plenitud de su pensamiento y acción política y administrativa cuando gobernó el Estado de Boyacá, entre 1877 y 1882, inicialmente como primer designado, en ausencia del presidente Sergio Camargo, y posteriormente como presidente titular. En Boyacá alcanzó sus mayores triunfos como hombre de Estado, desarrollando su acción constante en la construcción de caminos, carreteras y puentes, fortaleciendo la economía, el trabajo asiduo y la moral pública. Otálora pensaba que el único camino para desarrollar a Colombia y eliminar el ocio económico de sus gentes, que vivían preocupados en la política partidista y ocupados en continua guerra, debía ser la industrialización. Consideraba que las pasiones políticas debían ser barridas por «el aliento de una industria poderosa, capaz de cambiar los hábitos de holgazanería que son los que han dado pábulo a las siniestras contiendas».

Para Otálora, la Nación era un gran círculo movido por un engranaje, cuyo eje debía ser la ley. Este engranaje estaba constituido por empresas, educación y rentas: sin rentas no hay educación, porque no hay con qué costearla; sin educación no hay empresas, por falta de preparación del elemento humano; y sin empresas no hay rentas, volviendo al círculo vicioso. Para que marchara el engranaje nacional, era preciso que estos tres elementos giraran y se movieran con coherencia alrededor de la ley. Consideraba que Colombia, con un potencial incalculable de hierro y carbón mineral, debía fortalecer el desarrollo siderúrgico, pues ese era el secreto para el desarrollo de la riqueza, como lo habían demostrado Inglaterra y Estados Unidos.

Para conservar la paz en Colombia se requerían las industrias; por ello, después de la guerra civil de 1876, decidió apoyar la Ferrería de Samacá en 1878, la cual había sido iniciada por Martín Perry y Guillermo Withingan. Otálora se empeñó en organizarla con las técnicas más modernas del mundo siderúrgico, utilizando un área física de 300 hectáreas con minas de hierro y carbón en Samacá. Se construyeron talleres de fundición, de refundición y moldería, laminación, reparación y armaje, laminación de rieles, hornos, calderas y depósitos. En sus planes iniciales buscaba la hechura de rieles para la construcción de ferrocarriles de Bogotá, Tunja-Honda, Santa Rosa de Viterbo y otros. Esta ferrería fue muy combatida en la Asamblea de Boyacá, hasta que finalmente se propició su cierre en los debates políticos.

Algunos talleres sirvieron para la organización de la fábrica de Hilados y Tejidos de Samacá. Otálora se interesó en Boyacá por la construcción de buenas vías de comunicación; realizó la construcción de la carretera central entre el Puente de Boyacá y Ventaquemada; auspició la construcción del Camino de Occidente o del Carare, para comunicar a Boyacá con el Magdalena y buscar la salida al mar. Logró la construcción de la carretera hasta el Alto de las Quinchas. Hizo construir los puentes de hierro de Gutiérrez en Soatá, Soto en Capitanejo, Súnuba en Guateque y el del Zarao en Somondoco. Transformó el aspecto urbano de Tunja; hizo construir el acueducto con aguas conducidas desde la quebrada de Varón.
Inició la construcción del Puente de Boyacá en conmemoración de los héroes de la Independencia.

Durante su mandato, se organizó la Diócesis de Tunja en 1881. Organizó exposiciones ganaderas y agrícolas para dar a conocer las riquezas de Boyacá. Otálora también se interesó por estimular la educación práctica. Fue partidario de la educación técnica y agrícola para el cambio de mentalidad de los boyacenses; estableció estudios agronómicos, científicos y prácticos en la Escuela de Agricultura en Tunja, y en la quinta modelo o granja agrícola que se estableció en Villa de Leiva, con la asistencia de agrónomos y veterinarios franceses.

Intensificó la educación pública en Boyacá, fortaleció las dos escuelas normales para la formación del magisterio masculino y femenino; fundó 85 escuelas rurales y urbanas y mejoró la situación del magisterio. Estableció numerosos talleres de artes y oficios en el Estado de Boyacá; organizó la Biblioteca Pública de Tunja y se preocupó por ayudar a la Universidad y Colegio de Boyacá. Por primera vez, hizo sembrar el olivo, la vid, la morera y otras plantas útiles para el desarrollo agrícola e industrial de Boyacá.

En 1882 José Eusebio Otálora representó a Boyacá en el Senado de la República, y poco después el presidente Rafael Núñez lo nombró ministro de Hacienda. En las elecciones presidenciales en las cuales salió elegido presidente Francisco Javier Zaldúa, y como primero y segundo designados, Rafael Núñez y José Eusebio Otálora, se dio el camino para su ascenso a la jefatura del Estado.

El presidente Zaldúa, un jurisconsulto de 80 años, murió en el ejercicio del poder, el 21 de diciembre de 1882, y Núñez declinó el cargo; así, la Presidencia de Colombia fue encomendada a José Eusebio Otálora, quien gobernó desde el 22 de diciembre de 1882 hasta el 31 de marzo de 1884. Al presidente Otálora le correspondió la celebración del primer centenario del nacimiento del Libertador Simón Bolívar, conmemorado con el mayor esplendor a nivel nacional. Se preocupó por el ornato de Bogotá, la construcción del parque del Centenario y la terminación del parque de los Mártires. Impulsó las obras para la terminación de los ferrocarriles de Girardot, de Antioquia y el Magdalena y el de Buenaventura.

Impulsó las obras de Fernando de Lesseps en el Canal de Panamá, y en el Estado de Bolívar, las obras del canal del Dique. Difundió su idea sobre la industrialización, como único camino para alcanzar la paz y el progreso. Otálora fue uno de los precursores del republicanismo y de la concentración nacional, en un gobierno que tuvo la colaboración de los partidos políticos y los diferentes grupos. Siempre se manifestó inclinado a la conciliación y a la fraternidad. Su carácter laborioso y benévolo y siempre dispuesto a la unión, le permitió hacer una administración llena de garantías para todos. Sostuvo buenas relaciones con la Iglesia católica. Ante la propuesta de los radicales para que el presidente Otálora aceptara una nueva candidatura presidencial para el siguiente período, después de algunas indecisiones, llamadas "la Evolución Otálora", éste rehusó y expresó su lealtad al partido nuñista o de los liberales independientes. Con su decisión se fortaleció y triunfó la Regeneración, por lo cual los radicales se convirtieron en sus grandes enemigos.

El presidente Otálora fue acusado ante el Senado por asuntos intrascendentes, como el arreglo de la catedral, la compra de un coche, el ornato para Bogotá y otros, en los cuales se manifestó la intriga política y la enemistad de los radicales por la llamada "Evolución Otálora". La injusticia de las acusaciones lo llevaron a su retiro de la Presidencia, entregando el poder al primer designado, el general Ezequiel Hurtado, el 1 de abril de 1884. Se retiró a Tocaima, donde escribió su defensa contra los impugnadores a su mandato; pero cuando tuvo conocimiento de que el Senado de la República había admitido la acusación de la Cámara, no resistió la injusticia y murió de un derrame cerebral, el 8 de mayo de 1884.

Suspendida la acusación por la muerte de Otálora, la viuda solicitó se continuara el debate para el esclarecimiento de una vida y una obra sin mancha, que sirvió con honradez y mística a Colombia. Según Miguel Antonio Caro, «Otálora fue un hombre honrado y de buen corazón.