Nació en Santa Rosa de Viterbo, el 5 de diciembre de 1849-Murió en Bogotá, el 18 de febrero de 1921.

Militar y estadista boyacense, presidente de la República durante el período 1904-1909, conocido como el "Quinquenio". Con abuelos de ascendencia castellana, José Gregorio Ambrosio Rafael Reyes Prieto era hijo de Ambrosio Reyes Moreno, quien, viudo y con cinco hijos, contrajo segundas nupcias con doña Antonia Prieto y Solano, de cuya unión hubo cuatro hijos, a saber: Enrique, María, Rafael y Néstor. Don Ambrosio murió cuando el hijo mayor de su segundo matrimonio, Enrique, tenía cinco años.

Al poco tiempo, la numerosa familia Reyes se trasladó de Santa Rosa a Duitama. Elías Reyes, hermano medio de Rafael y primogénito de don Ambrosio, tenía en Popayán una incipiente y próspera casa de comercio, a donde decidió ir a trabajar, a los 17 años, Rafael Reyes. Pronto se unieron a la empresa sus dos hermanos y su madre, el negocio se llamó Elías Reyes & Hermanos. Esto le permitió a Rafael, a partir de 1868, iniciar su vida de viajero y descubridor. Por esos años fue la fiebre de la quina, que desde mediados del siglo XIX era el negocio por excelencia de los colombianos. No se quedó ni un palmo de los Andes, entre el Ecuador, Antioquia, Cundinamarca y el Chocó, por recorrer; Reyes señalaba las zonas más apropiadas para explotación, y detrás iba una legión de empresarios y contratistas que, al igual que él y sus hermanos, derribaban árboles y selva que luego se convertían en miles de millones de dólares. Rafael Reyes no sólo buscaba la quina, sino colonizar la región y descubrir rutas de comunicación. Así, redescubrió el río Putumayo, río navegable que comunica a Colombia con el Amazonas; estableció la navegación a vapor por él y abrió caminos desde Sofía, la cabecera del río, hasta Pasto; activó el comercio de exportación de mercancías y dio gran auge económico a Pasto. Cuando fue presidente de Colombia, viajó de nuevo por el Amazonas, el Orinoco y el Magdalena buscando desarrollar las comunicaciones y diversificar la economía del país.

Reyes fue un gran enamorado de la región amazónica, lo que lo Llevó a conseguir allí varias propiedades. Diez años vivió Rafael Reyes en las selvas del sur del país; desde Pasto se desplazó por el río Ica (Putumayo) a Río de Janeiro, en 14 días, allí pasó dos meses. En la ruta a Río de Janeiro, la Llegada de los expedicionarios a Belén de Pará, despertó el interés de las autoridades y de los periodistas; pronto en Río de Janeiro se supo de ellos, facilitándose las conversaciones con el emperador don Pedro n, quien ofreció embarcaciones y apoyo económico para que continuaran con las exploraciones. A los 24 años Reyes se enamoró en Popayán de Sofía Angulo Lemus, y al poco tiempo se formalizó el compromiso de matrimonio, efectuado cuando Rafael Reyes logró cierta holgura económica, cuatro años después, en 1877. Doña Sofía falleció en Bogotá en octubre de 1898, y Reyes no se volvió a casar por respeto a sus hijas.

Hacia 1884, la empresa privada que tenía con sus hermanos empezó a declinar: varios vapores habían sucumbido, unos colonos fueron diezmados por las enfermedades y otros emigraron; además, su hermano Néstor se perdió en las selvas del Amazonas; un año más tarde, la empresa de los hermanos Reyes desapareció. En 1885 Reyes contaba con 35 años y estaba en Cali. Fracasado en sus negocios, se hizo militar de ocasión. El presidente Rafael Núñez lo llamó a participar en la reconquista de Panamá, donde oficialmente estaba al mando el general de división Miguel Montoya, pero en la práctica mandaba Reyes. Se organizó, entonces, una expedición marítima desde Buenaventura hasta Panamá y un pontón abandonado fue el medio de transporte para la tropa, por lo que se conoce como "la aventura del pontón". Cuando la expedición llegó a Panamá, restablecieron las autoridades civiles y militares, y en pocos días las fuerzas de los Estados Unidos desocuparon el istmo. Obtuvieron la rendición del rebelde panameño Azpurría, y Reyes presidió el consejo de guerra verbal donde Petricelli y Cocobolo fueron condenados a la horca por el incendio de Colón el 6 de mayo.

Prestán, el dirigente incendiario de Colón, fue ahorcado el 18 de agosto, tres meses después en un consejo de guerra verbal presidido por Pedro Nel Ospina; no obstante, la responsabilidad recayó sobre Reyes. Mientras tanto, el presidente Rafael Núñez daba al Estado una organización centralista y autoritaria. Acabada la Constitución de 1863, se originó la guerra de 1885, de donde salió aniquilado el partido liberal y fortalecido el partido conservador. El 11 de noviembre de 1885, cuando se instaló el Consejo Nacional Constituyente, Reyes ocupó una curul, pero su participación en la redacción de la Carta Magna fue poco afortunada, pues Miguel Antoruo Caro se opuso a todas las iniciativas presentadas por él.

El gobierno encargó a Reyes una "misión confidencial" en Europa: Conseguir algunos empréstitos. En 1887, al regreso de su malograda misión, Núñez nombró a Reyes ministro de Fomento. En 1888 regresó a sus actividades particulares y adquirió la hacienda Andorra, cerca a Tocaima, donde rehizo su perdida fortuna. A causa de la baja de precios de los principales productos de exportación del país (café y caucho), Reyes planteó la necesidad de crear nuevas industrias. Llevaba cerca de 15 años estudiando el desarrollo de la industria bananera en Colombia, debido al interés que desde entonces mostraba Estados Unidos en el consumo del banano. En 1894, debido a la apremiante situación económica del país, Reyes decidió ir a Costa Rica a investigar la industria bananera, que desde entonces empezó a desarrollarse en Colombia. Durante el Quinquenio, Reyes se preocupó especialmente por promover el estudio y cultivo del banano; él mismo dirigió una comisión especial del gobierno en 1908, para estudiar algunas fuentes de riqueza del país que contribuyeran a mejorar la difícil situación económica.

Hacia 1890, Reyes adquirió fincas en el Valle del Cauca. Fue electo senador por el Cauca, y en 1892 fue candidato a la Vicepresidencia. El Regenerador Núñez murió en septiembre de 1894, y el 23 de enero estalló una rebelión en Bogotá. Reyes estaba en su hacienda Andorra, a donde un grupo de liberales leprosos del lazareto de Agua de Dios proyectaba ir para hacerlo prisionero; pero Reyes les salió al encuentro y llegó a Bogotá el 24 de enero. Tenía 45 años cuando estalló la guerra del 95; ganó en la batalla de Enciso, un valle que queda entre Málaga y Capitanejo. Tras el triunfo en Enciso, el ejército se desorganizó y se rindió luego en Capitanejo, el 16 de marzo. Poco después, Reyes fue llamado al Ministerio de Gobierno, donde se granjeó la mala voluntad de algunos grupos conservadores, pues además de haberse preocupado por evitar una alianza entre liberales de Colombia y Ecuador, . para prevenir así un próximo levantamiento revolucionario, sostuvo que los partidos deberían tener representación proporcional en las corporaciones colegiadas. Después de dejar el Ministerio de Gobierno, Caro lo envió como ministro plenipotenciario a Francia para alejarlo del país.

En 1896, la mayoría conservadora del Congreso propuso a Reyes como candidato a la Presidencia, especialmente por ser un gran militar. Durante gran parte del proceso electoral, 1896-1898, Reyes estuvo en París. En 1898 su nombre fue eliminado de entre los candidatos. Se encontraba aún en París, recientemente viudo, cuando el 18 de octubre de 1898 estalló otra revolución en Colombia. El secretario de la embajada, Guillermo Valencia, le insinuó ponerse al frente del ejército del gobierno, pero él decidió no intervenir en el nuevo conflicto y menos si era para servirle al señor Caro. El golpe de Estado dado a Manuel Antonio Sanclemente por el vicepresidente José Manuel Marroquín, el 31 de julio de 1900, no resolvió el problema interno del gobierno; la guerra continuaba y el país seguía en manos de los conservadores nacionalistas.

En París, Reyes fortaleció viejas relaciones de negocios, particularmente con los propietarios de la casa Fould Frères, y compró un barco de guerra para contrarrestar la ayuda internacional a la revolución liberal. En 1901 fue delegado a la n Conferencia Internacional Americana con sede en México, donde expuso su visión moderna de los problemas políticos y de la primacía de lo económico sobre las demás complicaciones nacionales; esto aumentó sus diferencias en Colombia con liberales y conservadores históricos. A Reyes le obsesionaba el progreso, colonizar nuevos territorios y construir grandes obras públicas, ideas que puso a consideración en un folleto para la sesión del 30 de diciembre de 1901. A pesar de las burlas iniciales, el proyecto se discutió, valoró y fue aprobado unánimemente. Reyes decidió radicarse en México. En octubre de 1902 terminó la guerra de los Mil Días, y un año después se separó Panamá.

Rafael Reyes fue elegido presidente de un país en ruina para el período 1904-1910, en unas elecciones donde no participaron los liberales, sólo las dos fracciones del conservatismo. Ejerció durante el período conocido como el Quinquenio Reyes o la Dictadura Reyes. Se posesionó con los lemas: «Paz, concordia y trabajo» y «Menos política, más administración», pero sus actos de gobierno rápidamente generaron oposición y él no demoró en actuar enérgicamente. Determinó destierros y confinamientos, sin importarle el partido al que pertenecían sus opositores, quienes muchas veces eran conservadores; Reyes iba perdiendo simpatía entre éstos, y ganándola entre los liberales. Creó un ambiente tan difícil que su mandato duró sólo hasta 1909. Clausuró el Parlamento y convocó una Asamblea Nacional Constituyente, donde los liberales (minoría) participaron con todos sus derechos. La última guerra perseguía reformar la Constitución del 86, Reyes, investido de facultades extraordinarias, invitó a la nación a una reforma de la Carta Magna.

La Asamblea, convocada el 1 de febrero de 1905, se instaló el 15 de marzo, y en menos de un mes dictó diez actos legislativos que suprimieron los cargos de vicepresidente y designado, al igual que el Consejo de Estado, y reformaron la Constitución, entre otras cosas, para que el período presidencial de Reyes durara 10 años (1905 a 1914). Durante su gobierno hubo participación por primera vez de industriales y terratenientes, quienes modernizaron las políticas económicas de una sociedad atrasada materialmente. También se dictó la ley de representación de minorías, hecho fundamental que cambió el estilo de la lucha partidista y disminuyó las posibilidades de guerra, al permitir una participación más equitativa; además, fue el primer intento serio, desde 1886, por establecer relaciones más civilizadas entre los dos partidos. En acto legislativo de 1905, Reyes consagró, por primera vez en el país, la representación proporcional en los cuerpos colegiados. El programa político de Reyes se distinguió por su carácter centralista, dirigido a aumentar la participación del Estado en la economía y en los antiguos estados soberanos, los que en 1904 subyugó completamente para evitar que se formaran, en Antioquia, Santander y Cauca, fuertes centros de presión regionalista que alimentaran brotes separatistas como el que concluyó con la separación de Panamá.

Entre las obras que contribuyeron notablemente al desarrollo del país están: su política de monopolios fiscales de licores, tabaco y degüello; el impulso del financiamiento estatal para la inversión pública en caminos y carreteras con la creación del Ministerio de Obras Públicas, la promoción del ferrocarril de Girardot y la continuación del Capitolio; se ocupó de la instrucción pública, especialmente del sector obrero; restableció las relaciones con Venezuela; y se ocupó por estabilizar la moneda, para lo cual creó el Banco Central en 1905. La firma del tratado Averbury-Holguín en 1905 permitió, a través del crédito internacional, sanear la deuda externa del país y desarrollar la industria minera, textil y azucarera, las refinerías, las fábricas de alimentos, de vidrio, y papel; cultivar el banano, el café y el algodón, y proporcionar créditos bajos para la agricultura de exportación. Reyes profesionalizó y modernizó a las fuerzas armadas; en 1907 fundó la Escuela Militar de Cadetes de Bogotá y la Escuela Naval de Cartagena; en 1909 fundó la Escuela Superior de Guerra. En 1908 dividió al país en 34 departamentos y erigió a Bogotá como distrito especial. Desarmó a la población civil y estableció el monopolio de las armas por parte del Estado. Consagró el código de reconocimiento a los derechos de las minorías, buscando una paz que garantizara el progreso económico, al tiempo que en el exterior trataba de mejorar la imagen del país.

Después de haber ganado la última guerra, el partido conservador no admitía que los liberales estuvieran participando en el gobierno; además, se sentían traicionados por Reyes. El 10 de febrero de 1906 Reyes sufrió un atentado en Bogotá, cuando iba con su hija Sofía, en el sector de Barro Colorado. Los asaltantes: Salgar, González, Aguilar y Ortiz, fueron fusilados en el mismo lugar del delito, aunque todos señalaban al general Pedro León Acosta como el jefe de la conspiración. La persecución y los atropellos no se hicieron esperar, en Bogotá la Policía Secreta fue una amenaza social. Después de presenciar el fusilamiento de los actores materiales, los jefes de la conspiración, unos veinte, fueron desterrados a Bocachica. En 1909 Reyes enfrentó una crisis de opinión por la firma del arreglo entre Panamá, Estados Unidos y Colombia. Reyes buscaba restablecer las relaciones entre Estados Unidos y Colombia, deterioradas desde 1903 por los sucesos del Canal de Panamá; el 28 de febrero de 1905 nombró como ministro plenipotenciario en Washington al liberal Diego Mendoza Pérez. Pero éste fracasó en su misión de acercamiento de las dos naciones. Enrique Cortés lo reemplazó y propuso que el problema fuera tratado por los tres países, ya que tenía dimensiones tripartitas. El 9 de enero de 1909 se firmó un tratado en el que Estados Unidos reconocía a Colombia una indemnización por Panamá, y recibía autorización para que sus barcos usaran los puertos nacionales.

Este tratado fue visto como amenaza pública y se argumentó que el ministro Enrique Cortés no tenía facultades legítimas para hacerlo. Reyes trató de que fuera aprobado sin ninguna modificación por la Asamblea en sesiones extraordinarias, pero experimentó una fuerte oposición encabezada por Nicolás Esguerra. El 9 y el 13 de marzo hubo sendas manifestaciones promovidas por la juventud universitaria en rechazo de Reyes, y surgió el nombre de Enrique Olaya Herrera para presidente. Reyes renunció y dejó al mando al general Jorge Holguín, su consuegro, quien desde el 11 de marzo de 1909 era el designado. Reyes reasumió el mando el 14 de marzo. A finales del Quinquenio apareció la Unión Republicana, que aglutinaba a liberales y conservadores inconformes con el gobierno. Reyes emprendió viaje el 3 de junio, y camino de la Costa Atlántica, en Gamarra, encargó el mando al ex vicepresidente Ramón González Valencia, pero éste no aceptó; entonces, Reyes entregó el poder al general Holguín. Una vez en Santa Marta, se fue como pasajero en el buque Manistí. Su dimisión se oficializó el 27 de julio de 1909. En un exilio voluntario, el general Rafael Reyes viajó por varios continentes durante 10 años; residió varias veces en Madrid. Murió en Bogotá de pulmonía, el 18 de febrero de 1921.