Nació en Cartagena de Indias, el 28 de septiembre de 1825 -Murió el 18 de septiembre de 1894.

Estadista y escritor costeño, cuatro veces presidente de la República, llamado "El Regenerador' y considerado como uno de los caudillos civilistas de mayor importancia en la segunda mitad del siglo XIX en Colombia.

Rafael Wenceslao Núñez Moledo fue el ideólogo del movimiento de la Regeneración, cuyas ideas y acciones se plasmaron en la Constitución Política de 1886, que estuvo, con algunas reformas, vigente hasta 1991. Nacido en el hogar del coronel Francisco Núñez García y doña Dolores Moledo García, en el año 1840 ingresó a la Universidad de Cartagena, donde inició los estudios de Derecho. Después de su participación en las filas liberales en la guerra de los Supremos, en 1840-1841, regresó a sus estudios y se graduó de abogado en 1845. En los años de mayor agitación político-social en la década del cuarenta del siglo XIX, Núñez se manifestó como un extremista radical. En el país habían penetrado el romanricismo político y el socialismo utópico, que influyeron en los intelectuales revolucionarios y en los artesanos de las ciudades más importantes.

Los principios del socialismo utópico se difundieron en el mundo a través de las obras de Saint Simon, Fourier y de Luis Blanc. Con la influencia del romanticismo social, se crearon en la Nueva Granada las sociedades democráticas, organizadas en diversas ciudades del país por obreros y por una juventud romántica y social. En Cartagena de Indias, Núñez perteneció a la Sociedad Democrática, y fundó el periódico La Democracia.
En el año 1849, cuando apenas tenía 24 años, fue nombrado rector del Colegio Nacional de Cartagena de Indias, y poco después, gobernador de la provincia de Bolívar.

Así inició su brillante carrera política en Cartagena, su ciudad natal. Rafael Núñez se casó en Panamá con doña Dolores Gallego, hermana de la esposa del vicepresidente de la Nueva Granada, José de Obaldía, el caudillo político más importante de la región. Obaldía ayudó políticamente a Núñez en Panamá, donde fue elegido por el distrito de Chiriquí al Congreso de la República. Desde entonces, Núñez apareció en la vida parlamentaria nacional. Por diversos problemas, el matrimonio de Núñez con Dolores Gallego entró en crisis; ya había conocido antes, en la casa del general Juan José Nieto, a quien sería el amor de su vida y su compañera hasta sus últimos días: doña Soledad Román.

Las primeras intervenciones de Núñez en el Congreso Nacional fueron en contra del proyecto sobre los derechos individuales sin límites, la separación de la Iglesia y el Estado, el nombramiento de los gobernadores por voto popular y las libertades totales. Núñez atacó el proyecto de libertades absolutas y del federalismo, por considerar que su aprobación llevaría al país a la anarquía y la dictadura. Sus actuaciones y oratoria tuvieron un gran impacto en el Congreso, lo cual llevó a su elección como vicepresidente de la Cámara de Representantes.

Poco después, el presidente José María Obando lo nombró secretario de Gobierno. El presidente Manuel María Mallarino nombró a Núñez su secretario de Guerra y luego de Hacienda. En esos años, era partidario del libre comercio y se dedicó a organizar modernamente el Estado; creó una estadística científica, que fue muy importante para el conocimiento real de los problemas del Estado. Después de la guerra civil de 1860-1861, el presidente Tomás Cipriano de Mosquera lo nombró director de Crédito Público. Le correspondió la desamortización de bienes de manos muertas y demás reformas del presidente Mosquera contra la Iglesia católica. Por ello recibió los ataques frecuentes del clero granadino, en lo que entonces comenzó a llamarse Estados Unidos de Colombia.

Es muy significativo el hecho de que Núñez firmara las leyes de desamortización de bienes de manos muertas, y dos décadas después firmara el Concordato entre la Iglesia y el Estado. En la década del sesenta, después de la Convención de Rionegro, Rafael Núñez salió del país en misión diplomática. Le correspondió representar a Colombia en Nueva York, Le Havre, Liverpool y otros lugares de Europa. Colaboró en diversas revistas y periódicos, tanto en el exterior como en Colombia; escribió para el periódico EI Nacional de Lima.

Sus artículos fueron recogidos en un libro que llamó ensayos de crítica social, impreso en Rouen, en 1874. En las décadas del sesenta y setenta, apareció en Núñez el pensador y fecundo escritor. Colaboró en los periódicos La Nación, El Mensajero, La Luz, El Impulso, El Neogranadino, El Porvenir, El Tiempo, La Opinión y Diario Oficial; también en El Continental de Nueva York, entre otros. Sus escritos aparecían a veces con el seudónimo Wencelly David de Olmedo. Núñez seleccionó sus artículos y los publicó en forma de libros; entre ellos destacamos, La reforma política en Colombia (publicado en ocho volúmenes), Ensayos de crítica social y Diccionario político, además de sus Poesías.

En Europa, Rafael Núñez recibió las influencias del positivismo spenceriano, reflejadas en sus numerosos ensayos. El positivismo surgió cuando la revolución industrial transformaba la faz del mundo; cuando se repudió la metafísica y la teología para la comprensión humana, y se defendió la ciencia y el racionalismo, fundados en la experimentación y en lo "positivo".
El positivismo penetró en Hispanoamérica cuando las generaciones nuevas buscaban impacientemente las reformas políticas y educativas. Ningún país sediento de orden y progreso escapó al influjo positivista, cuando el tono de vida en Hispanoamérica eran la anarquía, las guerras civiles, el caudillismo y el regionalismo.

Bajo su influencia, se movió la política colombiana de la Regeneración, la política argentina de Domingo Faustino Sarmiento y de su generación, los mexicanos que hicieron la Reforma y el Porfiriato, y en Venezuela, el poder y la acción del caudillo Antonio Guzmán Blanco. Según las tesis del positivismo spenceriano, "darwinismo social" o evolucionismo social, las sociedades, como los organismos biológicos, tienen una evolución. Spencer sostuvo que los fenómenos sociales dependían en parte de la naturaleza de los individuos, y en parte, de las fuerzas a las que éstos estaban sujetos.

Después de su viaje a Europa, Núñez aplicó sus ideas y experiencias a su reflexión sobre la situación de crisis de Colombia. Pensó que el país necesitaba salir del federalismo, pues éste no era el sistema más apropiado para la unidad y la paz de los colombianos. Consideró que en un país esencialmente católico, luchar contra la Iglesia sería como ir contra la corriente, pues a pesar de los esfuerzos, ésta lo haría naufragar. Según sus reflexiones, la mayor parte de las guerras civiles en Colombia estaban motivadas por problemas religiosos; por ello, consideró necesario el Concordato entre la Iglesia y el Estado.

En sus escritos en la prensa y en sus intervenciones en el Congreso, Núñez empezó a hablar sobre regeneración o catástrofe, pulcritud administrativa, orden, progreso, centralismo y descentralización administrativa, y otras ideas para solucionar los problemas de Colombia. Después de su viaje a Europa, Rafael Núñez se convirtió en filósofo y pensador y en "El Regenerador".

En la guerra civil de 1876-1878, se produjo la división entre los liberales radicales y los liberales independientes. Núñez, liberal independiente, canalizó el movimiento de la Regeneración, que cambió la situación política colombiana a fines del siglo XIX. En sus intervenciones ante el Congreso Nacional, Núñez recibió la constante oposición del radicalismo, que combatía sus aspiraciones presidenciales.

El 1 de abril de 1878, en el discurso de posesión del presidente Julián Trujillo, Núñez esbozó en una frase muy significativa la problemática del país y las bases de un gran movimiento que culminaría con la organización política de la nación: «Hemos llegado -decía- a un punto en que estamos confrontando este preciso dilema: regeneración administrativa fundamental o catástrofe». Los principios básicos de este gran movimiento los expuso Núñez en el Senado, el 30 de mayo de 1878, cuando expresó que la Regeneración «es la política del orden y la libertad, fundada en la justicia. Es la política de la justicia fundada en la práctica religiosa y leal de las instituciones>.

Alrededor de Núñez se consolidó un grupo político de liberales independientes, que en varias oportunidades se unió a los conservadores para llegar al poder. El positivismo spenceriano de Núñez se unió al tradicionalismo de don Miguel Antonio Caro. De esta unión política e ideológica surgió el movimiento de la Regeneración. Rafael Núñez fue nombrado secretario de Hacienda en la administración del presidente Julián Trujillo, entre los años 1878 y 1880; en esta administración se desplazó en forma definitiva a los radicales del poder. El 8 de abril de 1880, Núñez tomó a su cargo la Presidencia de los Estados Unidos de Colombia hasta el 1 de abril de 1882.

En su primer período de gobierno, inició la construcción del ferrocarril de La Dorada; así mismo, la primera etapa del ferrocarril de Girardot e impulsó el ferrocarril de Buenaventura; fomentó las ferrerías de Samacá y La Pradera, en los Estados de Boyacá y Cundinamarca; introdujo en el país el servicio del cable submarino, que puso a Colombia en comunicación con todo el mundo; estimuló la navegación por el río Magdalena y por los ríos Lebrija y Sinú. Le sucedió el presidente Francisco Javier Zaldúa.

En el año 1884, Rafael Núñez ganó las elecciones contra la oposición radical; fue su segundo gobierno. Le correspondió afrontar la guerra civil de 1885, promovida por el liberalismo radical para derrocarlo a él y a la Regeneración. Los radicales estaban comandados por los generales Gabriel Vargas Santos, Ricardo Gaitán Obeso y Daniel Hernández; y los conservadores, por los generales Marceliano Vélez, Leonardo Canal, Manuel Briceño, Rafael Reyes y otros, aprobados por los liberales independientes. Los combates más importantes fueron los del Río Sonso, Santa Bárbara de Cartago, Cartagena, La Humareda y El Salado.

La guerra se generalizó en los estados de Boyacá, Santander, Antioquia, Cauca, la Costa Atlántica, Panamá, Tolima, Cundinamarca y otras regiones. En la batalla de La Humareda, el 17 de junio de 1885, el ejército radical fue completamente derrotado, con un elevadísimo número de muertos, sobre todo de una generación joven, anhelante del triunfo radical. Triunfante pues el gobierno de Núñez, se dio paso a la aprobación y sanción de la Constitución Política de 1886, que estructuró en forma definitiva la República de Colombia en torno a una centralización política y una descentralización administrativa. El 11 de noviembre de 1885, después de la guerra, se instaló en Bogotá el Consejo Nacional de Delegatarios, convocado por el supremo gobierno para deliberar los términos en que debía procederse a la nueva Constitución.

En su mensaje, el presidente Núñez señaló que «las repúblicas deben ser autoritarias, so pena de incidir en permanente desorden y aniquilarse en vez de progresar». Entre los proyectos de Constitución presentados, el Consejo Nacional de Delegatarios escogió el que redactó Miguel Antonio Caro, del partido conservador. La nueva Constitución Política, meta de la Regeneración, fue sancionada el 5 de agosto de 1886. Ella dispuso que con el fin de afianzar la unidad nacional, Colombia se reconstituiría en República unitaria. Sus rasgos más sobresalientes los resumió Núñez en la siguiente forma: «Unidad nacional, libertad religiosa, derechos para todos, estabilidad y autoridad».

El tercer período de gobierno de Rafael Núñez ocurrió entre los años 1886 a 1888. En el año 1887, el gobierno aprobó el Concordato con la Santa Sede. Su último período presidencial acaeció entre los años 1892 y 1894. En estos períodos, Nuñez dejó actuar a los vicepresidentes en el gobierno. El se retiró a su hacienda de El Cabrero, en Cartagena, en compañía de su amada Soledad Román. Allí murió, el 18 de septiembre de 1894. Su pensamiento y acción en el movimiento de la Regeneración, llevaron a una relativa estabilidad de Colombia en la primera mitad del siglo XX.